南山寺位于深澳鎮金山腳下，古城之南，地處“獨鯉朝陽”。

　　相傳清時寺內一和尚，武功絕頂，飛檐走壁，騰空三丈遠，還能盤腳坐于石景山尖石頂。他把功夫傳授給深澳鎮一富家子弟，教完“八仙醉灑”后就不知所蹤。

　　據1945年《南澳縣志》載，相傳清初釋寄塵（明寄遺逸而出家）、釋超雪，工詩善書，分別駐錫過南山寺及其附近金山寺，今兩寺門額各為其遺墨。門聯：“南島煥新檀德奉獻欣再造，山門仍舊佛光普照顯重靈”。以“南山”為冠首，點明了這門樓的歷經1918年地震而幸存的史實與這次全寺“欣再造”。

　　南山寺創于明(1368-1644)末，由火神爺小廟擴建而成。乾隆十三年(1748)重修。1918年正月初二日大地震時，寺院倒塌殆盡，僅存門樓。震后4年，島上七鶴巖尼師修徹、修解，攜徒來寺，在善信們捐助下，于廢墟上重建，至1927年竣工，艱苦重建成前院房、正廳寶殿、兩側廂房，使其重光。“文革”中驅尼廢寺，改為深澳金山村農場場址。

　　1978年，政策落實，釋長仰攜盲師公釋演證返寺。經海內外眾善信解囊，總投資400余萬元，重建大雄寶殿（1994年12月4日奠基，至1998年10月竣工），增建食廳、曾舍、祖堂、藥師樓、客堂大樓、天王殿、觀音閣（1990年仲秋竣工）等，新建的大山門樓，坐南向北，高約9米，寬約10米。全寺建筑而積1000余平方米，坐東北向西南，宏大莊嚴。結構精巧，雕梁畫棟。飛檐翅腳，琉璃煥彩。鐘磬傳聲，佛樂繚繞。花草流芳，令人留連。

　　原住持釋長仰（1924.7.7——2012.03.30），內字超念，生于南澳島云澳鎮澳前鄉，俗姓名林準得。18歲來南山寺禮釋通英為剃度師長住寺中。1956年到南華寺受具。“文革”時雖被迫返俗鄉，仍持素禮佛。“文革”后重興南山寺、金山寺，又捐資修筑水泥路3條。任過縣政協委員、市佛協常務理事、省佛協理事。

　　寺于1992年8月15日被縣政府公布為縣文物保護單位，2001年11月9日重建落成開光。 1998午12月被省佛協評為“先進單位”2000年9月被省佛協評為“文明寺院”。